武汉交通职业学院有船舶与航运学院、物流学院、交通工程学院、汽车学院、智能制造学院、电子与信息工程学院、经济管理学院、交通服务与管理学院、艺术学院、马克思主义学院等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。
1、院系设置
| 序号 | 学院设置 |
| 1 | 船舶与航运学院、船员培训中心 |
| 2 | 物流学院 |
| 3 | 交通工程学院 |
| 4 | 汽车学院 |
| 5 | 智能制造学院 |
| 6 | 电子与信息工程学院 |
| 7 | 经济管理学院 |
| 8 | 交通服务与管理学院 |
| 9 | 艺术学院 |
| 10 | 马克思主义学院 |
| 11 | 公共教学与实践学院 |
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