云南农业职业技术学院有农学与园艺技术学院、畜牧兽医学院、食品药品与大健康学院、工程学院、经济管理学院、互联网技术学院、创新创业学院、云安产业学院、马克思主义学院、基础部（体育工作部、公共艺术教育部）等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。
一、学院设置
| 序号 | 教学部门 |
| 1 | 农学与园艺技术学院 |
| 2 | 畜牧兽医学院 |
| 3 | 食品药品与大健康学院 |
| 4 | 工程学院 |
| 5 | 经济管理学院 |
| 6 | 互联网技术学院 |
| 7 | 创新创业学院 |
| 8 | 云安产业学院 |
| 9 | 马克思主义学院 |
| 10 | 基础部（体育工作部、公共艺术教育部） |
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