不是。二者主要区别是，性质不同、位置地址不同、车站规模不同，具体如下：
一、性质不同
1、南京汽车客运站
南京汽车客运站，是国家一级公路汽车客运站。
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2、南京南站
南京南站，是南京市境内铁路车站。
二、位置地址不同
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1、南京汽车客运站
位置地址：南京市玄武区红山路1号。
2、南京南站
位置地址：南京市雨花台区玉兰路98号。
三、车站规模不同
1、南京汽车客运站
南京汽车客运站占地面积约4.95万平方米，共设置发车位43个，下客位14个，长途停车位173个。
2、南京南站
建筑面积：73万平方米（截至2019年12月）。站台规模：15台28线（截至2019年12月）。
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