主要区别如下：

1.地位不同。国务院下属组成部门和直属单位，直属单位的地位略低于组成部门。

2.人事任命方式不同。国务院直属机构指的是各总局、总署，国务院有权根据需要自行决定这些部门的设立及其首长人事任免事务等事项，而无需经过人大及其常委会。

3.管理方式不同。***部门管理机构，即部委管理的国家局，是由于有些事务需以国家名义行使，但有无必要设立直属机构，如：国家烟草管理局、国家林业局、国家粮食局等，因此，挂靠在某些部委下，但仍保留其国家名称。这些部门通过的行政命令不但需要成交国务院办公会或国务院常务会议审议批准，还应事先交由管下的部委首长审议批准。

国家各部委和直属机构区别