柠檬酸循环的意思就是指是从两个碳原子的乙酰基开始的，这里的乙酰基来自糖酵解过程产生的丙酮酸。三个碳原子的丙酮酸和辅酶A反应，把两个碳原子的乙酰基转移给辅酶A，另一个碳原子变成二氧化碳释放出去了。
柠檬酸循环是从二碳基团乙酰基开始的，这个乙酰基和一种叫辅酶A的分子结合形成乙酰辅酶A。乙酰辅酶A来自糖酵解产生的丙酮酸，而丙酮酸是葡萄糖裂解的产物。丙酮酸分子结构中有三个碳，和辅酶A反应后，两个碳链基团转移给辅酶A，剩下的那个就成为二氧化碳释放出去了。
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