1、办学性质不同：鲁能巴蜀中学为私立学校，是巴蜀中学和企业联合创办的股份制学校。而巴蜀中学为公办学校。

2、创办时间不同：巴蜀中学的创办时间要早于鲁能巴蜀中学的创办时间。巴蜀中学创办于1933年。而鲁能巴蜀中学创办于2007年。

3、招生不同：巴蜀中学自2015年起已不招收初中生。但鲁能巴蜀中学仍旧招收初中生。